تحقق اصل پنجاهم قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران به منظور حفاظت از محیط زیست و تضمین بهره مندی صحیح و مستمراز محیط زیست بنحوی که ضمن حفظ تعادل مناسبات زیستی موجبات توسعه پایدار و بهبود، رشد و اعتلای کیفی انسان ها فراهم آید.

 وظایف اساسی سازمان :

 حفاظت از اکوسیستم های طبیعی کشور و ترمیم اثرات سوء گذشته در محیط زیست
 پیشگیری و ممانعت از تخریب و آلودگی محیط زیست
ارزیابی ظرفیت قابل تحمل محیط در جهت بهره وری معقول و مستمر از منابع محیط زیست
نظارت مستمر بر بهره برداری از منابع محیط زیست
 
برخورد فعال با زمینه های بحرانی محیط زیست شامل آلودگیهای بیش از ظرفیت قابل تحمل  محیط

 بررسی، مطالعه و تحقیق به منظور دستیابی یا حصول شناسائی در زمینه های زیر :
 
- عوامل آلوده کننده و مخرب محیط زیست در زمینه آب ، هوا ، خاک ، مواد زائد ، آفت کشها، کودهای شیمیائی ، سرو صدا و نظایر آنها

- چگونگی استقرار پدیده های عمرانی و توسعه کشور مانند واحدهای صنعتی، نیروگاهها، سدها، مجتمع های کشاورزی وعمرانی و سکونت گاههای انسانی و نظایر آن

- استفاده از تکنولوژی سازگار با محیط
 
- مناطقی که دارای ویژگیهای خاص و منحصر به فرد اکولوژیک می باشند و تعیین حدود آنها
 گونه های با ارزش خاص و نادر در حال انقراض گیاهی و جانوری و زیستگاههای آنها و روابط اکولوژیک و تعیین پراکندگی آنها
- مسائل زیست محیطی منطقه ای با استفاده از همکاری کشورهای همجوار و همکاری بین المللی
- تهیه و تدوین ضوابط و استانداردهای زیست محیطی در زمینه های زیر :
- هوا شامل هوای آزاد ، حد مجاز تخلیه کننده ها ، طبقه بندی منابع و عوامل آلوده کننده آب و تغییر و تخریب مسیر رودخانه ها و انهدام تالابها و دگرگونی اکولوژیک دریاچه ها و دریاها
- منابع خاک شامل آلوده کننده و فرساینده خاک
 
- سروصدا شامل حد مجاز و تعیین ضوابط مکانی ،‌ زمانی و نوعی
 مواد زائد و جامد شامل جمع آوری، حمل، دفع یا تبدیل و بازیافت مواد زائد وجامد از منابع روستائی، شهری، معدنی ، کشاورزی و غیره در مناطق مختلف کشور

- آفت کشها و کودهای شیمیائی شامل حد مجاز باقیمانده در محیط ، دفع یا معدوم نمودن و ممنوعیت مکانی، زمانی، نوعی، کمی و کیفی
- پوشش گیاهی و جانوران وحشی آلودگی های مواد نفتی ، فلزات سنگین ، سموم کشاورزی ، فاضلاب انسانی و ... در محیط های دریایی ( آب ، رسوب ،‌ آبزیان )
- آموزش زیست محیطی به منظور اشاعه و ارتقاء سطح دانش و بینش زیست محیطی افرادجامعه برای ایجاد علاقه ، حس مسئولیت و مشارکت عمومی مردم کشور در حفاظت از محیط زیست با همکاری مراکز آموزشی و پژوهشی و رسانه های گروهی، تشکل های غیردولتی و بهره گیری از کلیه امکانات داخل کشور و در سطح بین المللی
- ارزیابی و نظارت به منظور حصول اطمینان از کاربرد و کارآئی ضوابط و استانداردهای زیست محیطی
- ایجاد موزه و نمایشگاه به منظور جمع آوری و نگهداری و نمایش نمونه ها و گونه های گیاهی و جانوران وحشی با توجیه جنبه های آموزشی و تحقیقاتی آنها و تاکسیدرمی جانوران وحشی جهت  استفاده در نمایشگاه و موزه ها
-  ایجاد توسعه و گسترش مراکز آموزش علمی و کاربردی زیست محیطی به منظور تامین و تربیت   نیروی انسانی مورد نیاز محیط زیست کشور با هماهنگی و همکاری وزارت فرهنگ و آموزش عالی و سایر مراجع ذیربط
- مطالعه و بررسی اکوبیولوژی دریا و آلودگی های دریایی و تالابهای ساحلی
- مطالعه و ارزیابی وضعیت کمی و کیفی اجزای تنوع زیستی و ذخایر ژنتیکی کشور

- تدوین طرح ها و پروژه های تحقیقاتی  و پژوهشی منطقه ای ، ملی و بین المللی در زمینه مسایل زیست محیطی
 
- ارزشگذاری اقتصادی منابع طبیعی و هزینه های زیست محیطی ناشی از توسعه
- مطالعه و زمینه سازی جهت دستیابی به توسعه پایدار